Der Motor wurde als Strukturelement des Rahmens gedacht, weshalb die gesamte Architektur im Hinblick auf eine optimale Konfiguration, Gewichtsverteilung und Robustheit überarbeitet werden musste. Die nach wie vor im 90°-Winkel zueinander angeordneten Zylinder wurden um weitere 6° nach hinten um das Motorgehäuse „gedreht", um somit zwischen dem vorderen Zylinder und der waagrechten Fläche einen Winkel von 21° zu erzielen. Aufgrund dessen konnte der Motor 32 mm weiter nach vorne gesetzt werden, was die Gewichtsverteilung zwischen Motorradfront und -heck optimiert und eine perfekte Positionierung der Anschlusspunkte der Zylinderköpfe am Monocoque-Rahmen der 1199 Panigale gewährleistet.