Bei allen Modellen der 1199 Panigale weisen die Gabeln die für Rennmotorräder der Superbike-Weltmeisterschaft typische vergrößerte Achsstandmontage auf. Dank dieser Neuerung sind auch die Bremsscheiben im größeren Abstand zueinander montiert, was eine optimale Kühlung während der Fahrt gewährleistet. Die 1199 Panigale ist mit der brandneuen, gasdruckbeaufschlagten 50 mm Upside-Down-Gabel von Marzocchi ausgestattet. Diese ist extrem leicht, verfügt über Holme aus eloxiertem und Gabelfüße aus geschmiedetem Aluminium. Zug- und Druckstufe sowie die Federvorspannung sind einstellbar, während das druckbeaufschlagte Hydrauliksystem pro Holm eine geringere Ölmenge erfordert und somit deutlich zur Gewichtsreduzierung beiträgt. Die hintere Radfederung wurde einem komplett regulierbaren Sachs Monofederbein anvertraut. Die hintere Radfederung der 1199 Panigale sieht eine seitliche Montage vor, so dass die Einheit für spätere Einstellungen leicht zugänglich ist. Das System wurde darüber hinaus so konzipiert, dass eine Hebeleinstellung gewährleistet ist, durch die zwei unterschiedliche Konfigurationen der hinteren Radfederung erzielt werden können: „progressiv" für den Straßeneinsatz mit Beifahrer und linear („flat") für die Rennstrecke.